轩辕剑3外传天之痕河神在哪

故事开始于伏魔山，主角陈靖仇的师父陈辅要他去拿昆仑古镜，却意外唤醒了远古魔兽饕餮。在师父被封印后，陈靖仇得到指引，前往雷夏泽找师伯公山先生求救。

在月河村，陈靖仇得知河神祭的情况，为解救被选为祭品的村民小雪，他踏上拯救之路。与河神激战后，小雪被救出，但村民不理解，将他们赶出村子。

雷夏泽，陈靖仇找到师伯，得知师伯受伤无法行动。师伯告诉他，拓拔氏有一上古神器神农鼎，能炼制药材救师伯。神农鼎被宇文拓夺走，陈靖仇需小心。

黑山镇，陈靖仇阻止隋兵抓小孩，救出拓拔玉儿，玉儿讨厌隋人。在张烈的宴请后，一行人前往隋军大营。

大雁岭，陈靖仇一行人击败隋军首领，救回被掳走的小孩。张烈部落，得知神农鼎被皇帝拿走。玉儿独自找寻，一行人随后。

芦家渡，皇帝在徵妃子，将所有船徵走。一行人混上船，张烈找隋兵衣服，陈靖仇找胭脂、发簪和女用衣服。换装后混上船。

船上，隋兵将女子送至第二厢房。陈靖仇和小雪打听玉儿消息，未果。发现船底载铜器，探索时被发现，救出女子，杀公公夺船，开往大梁。

大梁，打听隋炀帝所在，混入龙舟舰队寻找神农鼎和玉儿。发现神农鼎是假的，玉儿欲行刺皇帝，宇文拓出现，将玉儿打伤。陈靖仇救出玉儿，皇帝下令逮捕。

江边小屋，陈靖仇将玉儿救出后，玉儿得知陈靖仇在找神农鼎，坚持留在大梁。一行人前往豆子坑，玉儿吵着要上山，但陈靖仇建议休息。到客栈，隋兵捣乱，被修理。与程咬金和秦叔宝相遇，前往魔王砦。

魔王砦，程咬金和秦叔宝加入，发现鼎被宇文拓夺走。陈靖仇一行人与隋兵对战，将鼎抢回。东莱打听消息，泰山树林遇到受伤人，带回东莱救治。山上遇到氏人族战士，女王得知陈靖仇一行人被追杀，表示若击败黑龙王就带他们去仙岛。

黑龙王宫，击败黑龙王，误摘崆峒印，氏人族变回原貌。返回氏人国，玉儿因摘崆峒印自毁容貌，女王后悔，送他们去仙岛。仙岛上，玉儿病危，陈靖仇找到草药救治。继续寻找仙人，最终成功救回师父。

师父病故后，玉儿提出暂放仙人那。陈靖仇找仙人求助，得知玉儿有生命危险。前往西母峰取得蟠桃，救治玉儿。返回然翁居，玉儿伤重而逝。古月仙人劝放弃，透露天外有白玉轮之阵可复活。

陈靖仇在大兴与宇文拓决战，失败后回到郡王府，得知女娲石在巴蜀古王墓。与斛律安对战取得女娲石，又被夺走。回到郡王府，得知师父已到，决定先救人。

长沙隋军大营，阻止长沙大劫，宇文拓出现，将师父打伤。陈靖仇寻找仙人求助，得知天女白玉轮之阵可复活。玉儿死后，陈靖仇与小雪一起找到仙人，小雪被带走。

得知小雪去向后，陈靖仇与玉儿的故事暂时告一段落。在太原，张烈加入，一行人前往云岗石窟，经天路去洛阳。通天塔内，与宇文拓第二次决战，失败后被郡主挟持。

然翁居，得知仙人无法救玉儿，古月仙人提供两个方案，但陈靖仇最终放弃复活玉儿。通天塔内，与宇文拓再次对决，击败郡主救出宇文拓，继续前往塔顶。

到达塔顶，众人被送回过去，一行人被传送至虚空之门。在次元交错空间的伏羲神殿，发现天女白玉轮之阵，但需要大量能量。为了大局，陈靖仇放弃复活玉儿，关闭赤贯星中枢，封印天之痕。

最终，陈靖仇与师父决战，击败师父后，宇文拓与古月仙人封印天之痕。陈靖仇返回，古月仙人将一行人带回。通天塔毁于战火，神州在唐太宗李世民的辅佐下，迎来太平盛世。