军旗中是不是要把敌方的军旗扛到自己的大本营中才算赢

是的，至少主流游戏玩法是这样的，而且必须是工兵才能扛旗。不过也有不抗旗的玩法，只玩歼灭战。棋子也有明暗两种布阵玩法。