在20世纪90年代岛屿灰狐的数量经历了灾难性的下跌。动物保育专家于1990年代发现岛屿灰狐的数量下降。在圣米格尔岛上岛屿灰狐就由1994年开始下降，成年的数量于1999年由450只下降得15只。在圣克鲁兹岛亦发现相似的下降，于1994年由2,000只成年的岛屿灰狐下降至2000年的135只；