球藻是水体中的初级生产者，营养价值高，是鱼类等水生动物的饵料，在污染物沿食物链的传递中起着重要作用。小球藻能同颤藻属、席藻属、栅藻属等藻类以及某些菌类在自然水体中组成生物薄膜，可以吸附水体中的有机物，并可以直接利用有机物作为碳源和氮源，使一部分有机物分解。