恐龙兄弟2的战斗游戏采用真实时间指令系统，玩家无需对单个恐龙进行繁琐操作，只需对群体下达指令，恐龙们会自行根据情况执行命令。指令类别多样，包括：基本指令：改造：改变未孵化蛋的种类或强化恐龙能力战略：进击模式、繁殖、集合、突袭诱导：操控指定恐龙移动和行为标记