有个名叫《时空少年》的动画片用了《轩辕剑3》的音乐

这道无妨。只是用了一些小段的音乐和音效，没有具有代表性的。就像《秦时明月》模仿轩四一样，创作人员说，他们之所以copy轩辕剑，是基于对他的爱和表达敬意，和盗版无关。而且既然是上得了电视的国产动画片，DOMO又没有起诉，说明他们同理自己的作品被发扬光大。楼主不必担心。