世嘉MasterSystem的手柄

Controller 3 – 2键，有一个预留孔位给旋入式摇杆

Controller 4 – 6键，和Mega Drive的6键手柄很相似，只在巴西发行。

Control Stick - 2键，有跟汽车变档杆十分相似的摇杆，但摇杆在右按键在左。

Light Phaser – 光枪，和MD的光枪游戏不兼容。

Sega Rapid Fire Unit - 用于实现标准摇杆连发功能的适配器，只能用于日版机器。

Sega Sports Pad - trackball控制器。

Sega Handle Controller - paddle控制器

SG Commander - 内建连发功能的标准控制器。

标准手柄

Master System的手柄只有两个按键，其中一个用作传统的“Start”键功能；暂停键放到主机上。原版的手柄，像以往世嘉的机器从两侧连接手柄的线缆；1987年开始的机器则将连接位置改到现行标准的顶部。一些手柄在方向键上有一个可拧入的操纵杆。

手柄采用以前的de facto标准雅达利风格9针接口，并能不经修改用于兼容该接口的设备，包括雅达利2600、Commodore Amiga、 雅达利ST、 Commodore 64、 Amstrad CPC以及使用Kempston interface的ZX Spectrum或类似机器。

巴西发行街头霸王2的时候，开发商模仿Mega Drive设计了一种新的六键手柄，后来的巴西Master System手柄有两个六键手柄。

后来的Mega Drive手柄也能在Master System上如常运作，B、C键分别代替1、2键，其它键则不起作用。类似Alien Syndrome等的少量Master System游戏即使是使用Power Base Converter也不能使用Mega Drive手柄，而只能用原版的Master System手柄。