魂斗罗GB游戏系统在保留了FC版游戏核心玩法的基础上，进行了多项优化改进。首先，游戏加入了连发功能，玩家可以通过按住B键实现连续射击，省去了FC版中需要连续按键的麻烦。在子弹速度方面，魂斗罗GB游戏也进行了提升，普通子弹速度加快，并且子弹数量从FC版的4颗增加到了5颗